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蕨类基因组解码:环境可持续性的希望

Unlocking the genetic information of a fern could provide us potential solutions to multiple issues faced by our 行星

In 基因组 测序, 的DNA 测序是为了确定每个特定 DNA 分子中核苷酸的顺序。 这个确切的顺序对于理解 DNA 中携带的遗传信息的类型很有价值。 由于基因编码负责大多数身体功能的蛋白质,因此该信息有助于了解其功能在体内的影响。 对生物体的完整基因组(即其所有 DNA)进行测序是一项复杂且具有挑战性的任务,必须通过将 DNA 分解成更小的片段、对它们进行测序然后将它们组合在一起来一点一点地完成。 例如,2003 年完成人类基因组测序耗时 13 年,总成本为 3 亿美元。 随着技术的进步,可以使用 Sanger 测序和下一代测序等方法以相对更快的速度和更低的成本对基因组进行测序。 一旦对基因组进行测序和解码,就为确定生物研究的潜在领域和朝着有针对性的应用开发取得进展开辟了无限的可能性。

来自康奈尔大学和世界各地的 40 名研究人员组成的团队对水的全基因组进行了测序 蕨类 称为 Azolla filiculoides1,2. 这种蕨类植物通常生长在温度较高的地区和世界热带地区。 揭开蕨类植物基因组秘密的项目已经酝酿了一段时间,并得到了 22,160 名支持者通过名为 Experiment.com 的众筹网站提供的 123 美元的资金支持。 研究人员最终获得了北京基因组研究所与乌得勒支大学合作进行测序的资金。 这种适合指甲盖的微小漂浮蕨类植物的基因组大小为 75 千兆碱基(或十亿碱基对)。 众所周知,蕨类植物的基因组很大,平均大小为 12 千兆碱基,但迄今为止,还没有一个较大的蕨类植物基因组被解码。 这样一个精心设计的项目旨在为这种蕨类植物的潜力提供线索。

这项基因组测序研究发现了蕨类植物满红的许多有趣方面 Nature Plants and have provided direction for future research on potential areas in which this fern can be beneficial. The fern Azolla was widespread and growing almost 50 million years ago on this 行星 around the Arctic Ocean. During that time Earth was also warmer compared to current conditions and this fern was thought to play a significant role in keeping the 行星 cooler by capturing around 10 trillion tons of carbon dioxide from the atmosphere over the course of 1 million years. Here we see a potential role for this fern in combating and protecting our 行星 from global warming resulted by climate change.

蕨类植物还被认为在固氮方面发挥着重要作用,该过程将大气中的游离氮 (N2)(一种在空气中大量可用的惰性气体)与其​​他化学元素结合以产生更具活性的氮基化合物,例如氨、硝酸盐等,然后可用于各种应用,如农业肥料。 基因组数据告诉我们这种蕨类植物与一种名为 Nostoc zollae 的蓝藻的共生关系(互惠互利)。 蕨叶在小孔中容纳这些蓝藻,这些细菌固氮,从而产生 氧气 蕨类植物和周围生长的植物可以使用。 反过来,氰 当蕨类植物提供燃料时,通过植物光合作用收集能量。 因此,这种蕨类植物可能被用作天然绿色肥料,并可能消除氮肥的使用,从而促进更可持续的农业实践。 作者说,拥有蓝藻和现在蕨类植物的基因组,研究可以集中在开发和采用这种可持续的做法上。 有趣的是,1000 多年来,亚洲农民将满江蕨作为绿肥添加到稻田中。

研究人员还在蕨类植物中发现了一种重要的自然修饰(杀虫剂)基因,该基因被认为具有提供昆虫抗性的能力。 当这种基因转移到棉花植物中时,它可以提供大量的昆虫保护。 这种“杀虫”基因被认为是从细菌转移或“遗传”到蕨类植物上的,并且被认为是蕨类植物谱系的一个非常特殊的组成部分,即它已经成功地代代相传。 发现潜在的昆虫保护势必会对农业实践产生重大影响。

This study shows that ‘pure science’ of unravelling first ever genomic information from ferns is a major step in the direction of uncovering and understanding crucial plant genes. It also helps in a better understanding of the evolutionary history of ferns i.e. how their features have evolved over the generations. Understanding of plants is very crucial to explore and comprehend how flora and fauna exist together amicably on our 行星 and such research should be given importance rather than labelling it as something which is not significant enough. After sequencing Azolla filiculoides and Salvinia cucullata, more than 10 fern species are already in pipeline for further research.

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{您可以通过单击下面引用来源列表中给出的 DOI 链接来阅读原始研究论文}

来源(S)

1. Fay-Wei L 等。 2018. 蕨类植物基因组阐明了陆地植物进化和蓝藻共生。 Nature Plants. 4(7)。 https://doi.org/10.1038/s41477-018-0188-8

2. 蕨类植物 https://www.fernbase.org/. [18 年 2018 月 XNUMX 日访问]。

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赛欧团队
赛欧团队https://www.ScientificEuropean.co.uk
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